ARNcr contenía una secuencia de veinte letras, que actuaba como un conjunto de coordenadas para guiar al complejo hacia un fragmento de ADN con una secuencia similar. El ARNtracr, que había participado en la producción de dicho ARNcr, pasaba a desempeñar entonces la tarea añadida de ejercer a modo de andamiaje, para mantener al resto de los componentes en la ubicación adecuada cuando se aferrasen al ADN de destino. Era entonces cuando la enzima Cas9 iniciaba el proceso de corte.